바다위 군함으로부터 공중의 요격을 위해 사용되는 미사일인 함대공 미사일은 군함과 함대의 방공을 위해 사용되는 미사일로서 적성 항공기의 접근과 대함 미사일 같은 공중 위협 표적을 차단하는데 목적을 두고 있다. 대함 미사일과 같이 현대 군함들의 주 무장이자 필수 무장중 하나이며 대함 미사일의 비가 쇄도하는 현대 해전에서 가장 중요한 무기체계이기도 하다.
지대공 미사일과의 차이점은 해상과 지상에서 운용한다는 점만 다를뿐 상당한 유사성을 보이며 지대공을 해상형으로 개량하는 경우도 있다. 러시아의 해상형 S-300이 대표적인 예이다.