화석 포켓몬

말 그대로 화석에서 복원시켜 얻을 수 있거나, 화석 그 자체를 상징하는 포켓몬들을 일컫는다.

보통 스토리 내에서는 중후반부에서 화석을 얻어 연구원에게 보여주면 복원시켜 줘서 그 화석에 해당되는 포켓몬을 얻을 수 있다.

모티브와 관련된 이야기

• 1세대 : 암모나이트, 삼엽충, 익룡
• 3세대 : 바다나리, 아노말로카리스
• 4세대 : 파키케팔로사우루스 등의 후두류 공룡, 프로토케라톱스
• 5세대 : 아르켈론, 아르카이옵테릭스
• 6세대 : 티라노사우루스, 아마르가사우루스
• 8세대 : 무언가 잘못되어 실패한 화석 복원으로 태어난 아이들. 그로 인해 설정이 심상치 않을 만큼 수상하다. 더욱 가관인 것은, 도감 설명이 이상한 나라를 연상케 할 정도로 앞뒤가 전혀 부자연스럽게 들어맞거나 서로 어울리지 않아 모순적인 이야기들이 주를 이룬다는 것. 이들의 도감 설명 가운데, 이상한 나라에 가장 근접한 이야기는 파치래곤의 도감 설명으로, "먹이인 식물을 모두 먹어버려서 멸종했다."라는 설명이 있는데, 이는 판타지 세계에서나 전해져 내려올 법한 전승/민담상 내용에 가깝다. 어래곤의 이야기인데 "시속 60km의 시속으로 달릴 수 있지만 물속에서만 호흡할 수 있다."라는 모순적인 텍스트가 이상하게 붙어있다. 사람들은 정신을 잃고 이성이 없어진 과학자들이 자신의 실수를 후회하며 도감 설명을 만들지 않았냐는 추측을 하기도 한다.