* 상위문서: 생물 계통 분류 * 일반적인 내용은 고세균 참고.
고세균역(古細菌域, Archaea)은 핵막이 없어 세균과 유사하나 진핵생물과의 유사성도 있는 생물이다.
크렌고세균계(Crenarchaeota)
크렌고세균문(Crenarchaeota)
테르모프로테우스강(Thermoprotei)
* 테르모프로테우스목(Thermoproteales) * 테르모프로테우스과(Thermoproteaceae) * 테르모필룸과(Thermofilaceae) * 아키딜로부스목(Acidilobales) * 아키딜로부스과(Acidilobaceae) * 칼디스파에라과(Caldisphaeraceae) * 데술푸로콕쿠스목(Desulfurococcales) * 데술푸로콕쿠스과(Desulfurococcaceae) * 피로딕티움과(Pyrodictiaceae) * 술포로부스목(Sulfolobales) * 술포로부스과(Sulfolobaceae) * 페르비디콕쿠스목(Fervidicoccales) * 페르비디콕쿠스과(Fervidicoccaceae)
유리고세균계(Euryarchaeota)
유리고세균문(Euryarchaeota)
아르케오글로부스강(Archaeoglobi)
* 아르케오글로부스목(Archaeoglobales) * 아르케오글로부스과(Archaeoglobaceae)
할로박테리움강(Halobacteria)
* 할로박테리움목 (Halobacteriales) * 할로박테리움과 (Halobacteriaceae)
메타노박테리움강(Methanobacteria)
* 메타노박테리움목 (Methanobacteriales) * 메타노박테리움과 (Methanobacteriaceae) * 메타노테르무스과 (Methanothermaceae)
메타노콕쿠스강(Methanococci)
* 메타노콕쿠스목 (Methanococcales) * 메타노콕쿠스과 (Methanococcaceae) * 메타노칼도콕쿠스과 (Methanocaldococcaceae)
메타노미크로비움강(Methanomicrobia)
* 메타노사르키나목 (Methanosarcinales) * 메타노사르키나과 (Methanosarcinaceae) * 메타노사이타과 (Methanosaetaceae) * 메타노미크로비움목 (Methanomicrobiales) * 메타노미크로비움과 (Methanomicrobiaceae) * 메타노코르푸스쿨룸과 (Methanocorpusculaceae) * 메타노스피릴룸과 (Methanospirillaceae) * 메타노켈라목 (Methanocellales) * 메타노켈라과 (Methanocellaceae)
메타노피루스강(Methanopyri)
* 메타노피루스목 (Methanopyrales)
테르모콕쿠스강(Thermococci)
* 테르모콕쿠스목 (Thermococcales) * 테르모콕쿠스과 (Thermococcaceae)
테르모플라스마강(Thermoplasmata)
* 테르모플라스마목 (Thermoplasmatales)
타움고세균계(Thaumarchaeota)
코르고세균계(Korarchaeota)
코르고세균문(Korarchaeota)
미분류계
나노고세균문(Nanoarchaeota)
* Nanoarchaeum equitans[* 나노고세균문의 유일한 종]