원핵생물은 세포막으로 둘러싸인 세포핵, 미토콘드리아, 세포소기관이 없는 단세포 생물이다. 원핵생물을 한자로 풀이해 보면 原核, 즉 원시적인(原) 세포핵(核)을 가진 생물(生物)이라는 뜻이다. 즉, 원핵생물과 진핵생물(眞核生物)을 나누는 가장 중요한 기준은 세포핵의 구조이다. 세포막으로 둘러싸인 세포핵이 있으면 진핵생물, 그렇지 않으면 원핵생물로 분류된다. 원핵생물은 크게 세균과 고세균으로 세분된다.
원핵생물은 세포의 모든 구성물들(단백질, DNA, 대사물질)이 진핵생물에서처럼 세포 내에 구분되어 있는 구획에 따로따로 있는 것이 아니라 하나의 세포막으로 둘러싸인 세포질 안에 구분 없이 다 함께 들어있다.