특별지방행정기관(特別地方行政機關)은 지방정부에 위임하기 어려운 국가사무를 처리하기 위해 중앙기관에서 직접 해당 지역에 설치하는 지방행정기관을 말한다.
부속기관과는 그 성질이 다소 다른데, 부속기관은 상위 중앙기관의 업무를 보조하는 기관이지만 특별지방행정기관은 중앙기관의 주 업무를 위임받아 자체적으로 처리하는 기관으로 자율성에서 차이가 난다. 본질적으로 지방정부의 권한을 중앙정부에서 쥐고 있는 형태이기 때문에 지방자치의 강화를 위해 특별지방행정기관의 권한을 지방정부에게 이양하는 논의를 끊임없이 하고 있다.
기관 일람
2017년 12월 31일 기준.
| 기획재정부 | 과학기술정보통신부 | 법무부 | 국방부 | |
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| 행정안전부 | 농림축산식품부 | 산업통상자원부 | 보건복지부 | |
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| 환경부 | 고용노동부 | 국토교통부 | 해양수산부 | |
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| 중소벤처기업부 | 국무총리 산하 | |||
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